内部配置について、以下のヘルプファイルに記載があります。
媒質内に光源を設定する場合、内部配置を設定しないと正しい挙動になりません。

光源に限らず、オブジェクトが別のオブジェクト内にある場合も内部配置の設定が必要になります。以下は水の中にレンズがあり、レンズの内部から光線が出ているモデルになります。

オブジェクト2(レンズ)はオブジェクト1(水)の中にあるため、オブジェクト2の内部配置は1となります。光源はレンズ内にありますので、内部配置は2となります。

水の屈折率は1.333、BK7の屈折率は1.516になりますので、臨界角は約61.6°になります。
光線角度を変えて挙動を確認すると、以下のように臨界角を超えた角度で正しく全反射が起きています。

一方、オブジェクト2の内部配置を0とすると以下のように正しい結果が得られません。

オブジェクト2の内部配置を0とした場合、光線はレンズから空気に向かって出射する設定となっています。そのため、臨界角は約41.3°となります。光線角度を変えて挙動を確認すると、以下のようになります。

上記のように特定の材質内に、オブジェクトや光源が含まれる場合は、内部配置を設定しないと正しい挙動が得られなくなります。